Лапидарий – здание с огромной специализированной коллекцией каменной чешской пластики XI — XIX в. Здесь собраны оригиналы статуй с площадей и улиц Праги, которые хранят историческую ценность разнообразных архитектурных памятников городка. В идеальных условиях хранятся каменные скульптуры с Карлова моста, из базилик Святого Иржи и Святого Вита. Еще здесь можно лицезреть свергнутые народом скульптуры императора Франца Иосифа и маршала Радецкого, скульптуру Вацлава, некогда стоявшую на Вацловской площади. На площади в 1300 квадратных метра в восьми залах выставлено более четыреста экспонатов из огромной двухтысячной коллекции. Это уникальная коллекция скульптуры восьмивекового периода и каменотесного дела. Из материалов представлены опока, мрамор, песчаник, паленая глина, штукатурка, гипс и бронза. Здесь есть окна, колонны, замковые камни, порталы, консоли, надгробия, каменные балдахины, вазы, фонтаны, скульптурные композиции, статуи и памятники.
В первом зале, который посвящен готической и романской эпохам, есть, к примеру, колонны, некогда украшавшие крипту базилики Св. Вита на Пражском Граде, детское надгробие дочери Гуты II Вацлава, старейшая пространственная скульптура – пара мирно лежащих львов на величественном постаменте изкоуржимского городища начала XIII века. Второй зал представляет вашему вниманию статуи, которые были сняты в и заменены копиями, это, прежде всего, фигура Карла IV, его сына Вацлава IV, статуи чешских покровителей: Св. Вита, Св. Адальберта и Св. Сигизмунда со Староместской мостовой башни. В третьем зале царит дух чешского ренессанса, здесь вы сможете увидеть часть Кроцинова фонтана, который располагался на Староместской площади, и его модель. Следующий зал посвящен памятникам эпохи: Славатовский портал, служивший входом в барочный Славатовский сад на Смихове. Портал называли Медвежьими воротами из-за двух медведей, которые стоят на его вершине. Здесь также расположились скульптурные композиции с Карлова моста, например: Святой Игнатий де Лойола, Святой Вацлав с ангелами и Святой Франциск Ксавери. В пятом зале находятся фрагменты, среди которых: часть Марианской колонны соСтароместской площади и одного из лучших произведений Яна Йиржи Бендла. В последнем зале расположились памятники, которые были сняты в 1918 году: памятник маршалу Радецкому фон Радцу и его воинам, статуя императора Франца I. Так же в последнее время в зал были перемещены четыре статуи святых с фасада костела Святого Спасителя, Св. Матфея, Св. Лука и Св. Иоанна.
В 1995 году в рамках огромного международного конкурса Лапидарий Национального музея попал в десятку лучших музейных экспозиций Европы.